La S4Andalucia incorpora un sistema de gobernanza participativo que integra a representantes de empresas, organismos de investigación, Administración Pública y representantes relevantes de la sociedad civil y el mercado.
El modelo de Gobernanza de la ESTRATEGIA parte de la experiencia, lecciones aprendidas y en particular las Recomendaciones y Propuestas de mejora del Informe de Evaluación Intermedia de la RIS3Andalucia 2014-2020, que señalan la necesidad de imprimir al diseño de la gobernanza un impulso institucional, simplificándolo e incorporar nuevos elementos de participación vinculados a la estructura de especialización.